يمكن تصنيف المشكلات إلى ثلاث تقسيمات :

أ . مشكلات النظم: يشتمل هذا التقسيم على مجموعة المشكلات الناتجة عن سوء تصميم نظم العمل أو ناتجة عن عوامل خارجية تؤدي بالتالي إلي عدم فعالية نظم التشغيل . وتأخذ مشكلات النظم عدة صور منها ضعف نظم المعلومات ، وجود مشكلات وتعطيل في إجراءات العمل ، وضعف الرقابة على الجودة وكذلك وجود مشكلات في ظروف العمل . ومشكلات النظم بطبيعتها عملية ويمكن قياسها والتعرف عليها بسهولة مما يمكن محلل النظم من حل تلك المشكلات بسهولة .

ب. المشكلات الإنسانية : ويشمل هذا التصنيف مشكلات عديدة حيث أنها تتعامل مع الجانب الإنساني المعقد وكذلك العلاقات الإنسانية ويمكن ملاحظة المشكلات الإنسانية التالية: ضعف الشعور بالانتماء ، مشكلات التحفيز ، الصراعات بين الأفراد ، ضعف التعاون والتنسيق ، ضعف الانضباط ، ظهور الشللية .

ج . المشكلات الاقتصادية : وتأخذ المشكلات الاقتصادية عدة صور ولها طابع غالب وهو المحددات المالية واستغلال الموارد الاقتصادية . وتشمل المشكلات الاقتصادية عدم كفاية المخصصات في الموازنة ، وزيادة مستوى المصروفات والتكاليف ، وضعف معدلات السيولة ، وأخيرا ضعف استغلال موارد المنظمة . ويمكن للمشكلة أن تأخذ طبيعة مركبة من أكثر من نوع من المشكلات ، أي أن المشكلة بطبيعتها لها بعد إنساني وبعد اقتصادي ، أو ناتج عن خلل في نظام العمل